莲藕田的基施量应根据土壤肥力确定，一般每亩施人粪肥、畜禽粪肥或稳定粪肥1500-2500公斤，或绿肥3000-3500公斤。多施有机肥可以减少红锈病的发生，提高莲藕的品质。除了施用足够的有机肥外，还应施用30-40公斤过磷酸钙作为基肥。
莲藕追肥莲藕生长期长，一般追肥2-3次。这是第一次，它是在立叶开始时进行的。除草后每亩施人粪尿肥750-1000公斤。第二次追肥是在5-6片叶子长好后进行，每亩施人粪尿肥约1000公斤。第三次追肥是在顶叶出现，莲藕开始形成时进行的，称为追肥。
每亩施人粪尿肥1500公斤，饼肥30-50公斤。施肥应阳光充足，无风无气，中午不适合在烈日下进行。每次施肥前，先把水排干，这样肥料就可以吸入水中，然后再把水灌溉到原来的深度。深水莲藕田肥料易流失，不能直接施用液化肥料，应施用固体肥料。这就是说，稳定的肥料或绿肥应再次申请和掩埋在泥。追施化肥时，首先将化肥与河泥充分混合，形成肥料泥团，然后施到莲藕田。
莲藕缺素症状浅水连作莲藕5年后，由于土壤渗透性差，铜、铁、锌等微量元素不能满足莲藕的生长需要。另外，施用有机肥少，追施氮肥多，极易诱发生理病害。生理病发病时间为5月上旬和中旬，发病高峰期为7～8月。发病初期，刚出水面的新叶轻微萎蔫，叶脉失绿变白，叶缘出现褐斑，逐渐扩大至整片叶片枯萎。
控制方法1、连作3～4年后翻耕一次是防治生理病害的根本途径。
2、增加有机肥施用量，控制氮肥用量。
3、4月底，莲藕地里只有稀薄的水，每667平方米用1-1.5公斤硫酸铜、2-2.5公斤硫酸亚铁和25-30公斤钙镁磷肥捆干细土，铺上绿篱。
